{"id":18744,"date":"2023-08-30T13:30:52","date_gmt":"2023-08-30T11:30:52","guid":{"rendered":"https:\/\/evajura.com\/actualites\/cout-delevage-des-genisses-copy\/"},"modified":"2023-08-31T09:33:00","modified_gmt":"2023-08-31T07:33:00","slug":"genotypage-inclure-la-genomique-dans-sa-conduite-de-troupeau","status":"publish","type":"actualites","link":"https:\/\/evajura.com\/en\/actualites\/genotypage-inclure-la-genomique-dans-sa-conduite-de-troupeau\/","title":{"rendered":"G\u00e9notypage : Inclure la g\u00e9nomique dans sa conduite de troupeau"},"content":{"rendered":"

Inclure la g\u00e9nomique dans sa conduite de troupeau<\/strong><\/h1>\n

 <\/p>\n

Le g\u00e9notypage fournit une connaissance approfondie de la valeur g\u00e9n\u00e9tique de l\u2019animal. La valeur g\u00e9n\u00e9tique, traduite en index, est plus pr\u00e9cise. Les index g\u00e9nomiques ont en effet un CD (coefficient de d\u00e9termination, repr\u00e9sentant la fiabilit\u00e9 de l\u2019index) deux fois sup\u00e9rieur aux CD des index sur ascendance. L\u2019analyse est r\u00e9alis\u00e9e \u00e0 partir d\u2019une biopsie du cartilage de l\u2019oreille ou par prise de sang.<\/p>\n

Le g\u00e9notypage a \u00e9galement l\u2019avantage d\u2019\u00eatre le seul moyen de conna\u00eetre les index fonctionnels comme le temp\u00e9rament \u00e0 la traite, la vitesse de traite, la sant\u00e9 mamelle\u00a0; et certains g\u00e8nes d\u2019int\u00e9r\u00eats (g\u00e8ne sans corne, mortalit\u00e9 pr\u00e9coce, t\u00eate rouge, d\u00e9pigmentation\u2026).<\/p>\n

Le co\u00fbt actuel du g\u00e9notypage, r\u00e9duit gr\u00e2ce \u00e0 sa d\u00e9mocratisation depuis un dizaine d\u2019ann\u00e9es, permet d\u2019obtenir un retour sur investissement int\u00e9ressant, g\u00e9n\u00e9r\u00e9 d\u2019une part par le progr\u00e8s plus rapide du troupeau sur les crit\u00e8res propres \u00e0 chaque \u00e9leveur (lait, taux, cellules, long\u00e9vit\u00e9\u2026) et d\u2019autre part par l\u2019\u00e9conomie r\u00e9alis\u00e9e sur l\u2019\u00e9levage des g\u00e9nisses, le coproduit \u00ab\u00a0viande\u00a0\u00bb g\u00e9n\u00e9r\u00e9 par l\u2019ins\u00e9mination des vaches de moindre int\u00e9r\u00eat en croisement industriel.<\/p>\n

Cette ann\u00e9e, EVA JURA a organis\u00e9 deux journ\u00e9es en \u00e9levage autour de la th\u00e9matique du g\u00e9notypage. A cette occasion, nous avons explor\u00e9 les r\u00e9sultats de g\u00e9notypage des troupeaux, en comparaison des r\u00e9sultats de production, de la morphologie des animaux\u2026<\/p>\n

<\/h2>\n

Une strat\u00e9gie \u00e9conomiquement gagnante \u2026 \u00e0 condition d\u2019utiliser les r\u00e9sultats de g\u00e9notypage<\/h2>\n

Le g\u00e9notypage repr\u00e9sente un co\u00fbt de 34,55 \u20ac\/animal chez EVA JURA. Si cela peut para\u00eetre une charge suppl\u00e9mentaire parmi les frais d\u2019\u00e9levage, l\u2019utilisation pertinente des donn\u00e9es de g\u00e9notypage pour la gestion du troupeau s\u2019av\u00e8re gagnante \u00e9conomiquement.<\/p>\n

    \n
  1. Un plan d\u2019accouplement plus efficace<\/u><\/li>\n<\/ol>\n

    La qualit\u00e9 de l\u2019accouplement sera meilleure avec une vache g\u00e9notyp\u00e9e car l\u2019index g\u00e9nomique \u00e9tant plus pr\u00e9cis que sur ascendance \/ performance, les points forts et faibles de l\u2019animal seront d\u00e9finis plus finement. L\u2019index g\u00e9nomique apporte \u00e9galement des informations exclusives, comme le statut de l\u2019animal sur certains g\u00e8nes d\u2019int\u00e9r\u00eat\u00a0type mortalit\u00e9 pr\u00e9coce : cela permet d\u2019\u00e9viter l\u2019accouplement de deux animaux porteurs d\u2019all\u00e8les d\u00e9l\u00e9t\u00e8res sur un g\u00e8ne par exemple.<\/p>\n

    Selon les crit\u00e8res de s\u00e9lection de l\u2019\u00e9leveur, le gain \u00e9conomique d\u2019un progr\u00e8s g\u00e9n\u00e9tique plus rapide sera diff\u00e9rent, mais toujours pr\u00e9sent. Des exemples sont chiffr\u00e9s plus bas dans l\u2019article.<\/p>\n

      \n
    1. Un tri des g\u00e9nisses pr\u00e9coce et efficace<\/u><\/li>\n<\/ol>\n

      Gr\u00e2ce aux index g\u00e9nomiques, il est possible de d\u00e9terminer sans attendre les g\u00e9nisses \u00e0 garder pour le renouvellement. Leur nombre sera d’autant plus restreint qu’elles pourront \u00eatre ins\u00e9min\u00e9es avec des semences sex\u00e9es femelles. Plus de g\u00e9nisses \u00e0 trier, c’est d’abord une \u00e9conomie sur le co\u00fbt du renouvellement (b\u00e2timents, alimentation, main d’\u0153uvre, une plus grande part de SAU lib\u00e9r\u00e9e pour les cultures de vente) et\/ou, en fonction des opportunit\u00e9s du march\u00e9, la possibilit\u00e9 de vendre davantage d’animaux de boucherie ou de reproduction. Cf Dossier de l\u2019\u00e9t\u00e9 2023 \u00ab Co\u00fbt d\u2019\u00e9levage des g\u00e9nisses \u00bb.<\/em><\/p>\n

       <\/p>\n

      Approche \u00ab\u00a0budget partiel\u00a0\u00bb de l\u2019int\u00e9gration de la g\u00e9nomique dans la gestion du renouvellement<\/h2>\n

       <\/p>\n

      Exemple d\u2019un troupeau de 50 vaches avec un taux de renouvellement de 30%<\/p>\n

      Strat\u00e9gie peu extr\u00eame\u00a0: sur 50 vaches, les 15 meilleurs (vaches ou g\u00e9nisses) sont ins\u00e9min\u00e9es en semence sex\u00e9e, les 15 moins bonnes en croisement viande. Les 20 vaches restantes sont ins\u00e9min\u00e9es en semence conventionnelle. Une strat\u00e9gie plus extr\u00eame pourrait consister \u00e0 augmenter les parts respectives de semences sex\u00e9es et de croisement viande pour augmenter les effets d\u00e9crits.<\/em><\/p>\n

      Pour conserver une marge de man\u0153uvre, 20 g\u00e9nisses sont \u00e9lev\u00e9es pour obtenir 15 g\u00e9nisses de renouvellement. Les 5 g\u00e9nisses suppl\u00e9mentaires constituent une marge de man\u0153uvre en cas d\u2019accident, de mammite de p\u00e2ture etc, et pourront \u00eatre sinon, vendues. Les r\u00e9sultats g\u00e9nomiques constitueront une aide au choix de vente des animaux exc\u00e9dentaires.<\/p>\n

       <\/p>\n\"\"\n

       <\/p>\n

       <\/p>\n\n\n\n\n\n\n\n\n
      G\u00e9notypage de 25 g\u00e9nisses laiti\u00e8res<\/td>\n34.55 \u20ac x 25<\/td>\n– 864 \u20ac<\/td>\n<\/tr>\n
      Surco\u00fbt de la semence sex\u00e9e sur les 15 meilleurs animaux<\/td>\n30 \u20ac x 15<\/td>\n– 450 \u20ac<\/td>\n<\/tr>\n
      Moindre f\u00e9condit\u00e9 de la semence sex\u00e9e (12 %)<\/p>\n

      Chiffrage de la mise en place d\u2019une semence conv (m\u00eame si normalement retours pris en charge)<\/p>\n

      Et augmentation IVV en cons\u00e9quence<\/td>\n

      		12% x 55 \u20ac\/IA x 15 VL concern\u00e9es<\/p>\n

      21 jours x 4 \u20ac\/jour IVV x 15 VL concern\u00e9es x 12%<\/td>\n

      		– 99 \u20ac<\/p>\n

       <\/p>\n

      – 151 \u20ac<\/td>\n<\/tr>\n

      Gain sur le produit veau des veaux crois\u00e9s<\/p>\n

      (Groupes Co\u00fbts de production AOP secteur Nozeroy\u00a0: diff\u00e9rence entre prix moyen des veaux crois\u00e9s BBB\/Charolais\/INRA et veaux Montb\u00e9liards = 107 \u20ac)<\/td>\n

      		15 x 107 \u20ac<\/td>\n+ 1605 \u20ac<\/td>\n<\/tr>\n
      Economie des charges op\u00e9rationnelles d\u2019\u00e9levage de 5 g\u00e9nisses (cf Dossier de l\u2019\u00e9t\u00e9 \u00ab Co\u00fbt d\u2019\u00e9levage des g\u00e9nisses \u00bb)<\/td>\n982 \u20ac x 5<\/td>\n+ 4 910 \u20ac<\/p>\n

       <\/td>\n<\/tr>\n

      TOTAL du gain \u00e9conomique hors progr\u00e8s g\u00e9n\u00e9tique<\/strong><\/td>\n\u00a0<\/strong><\/td>\n+ 4\u00a0951 \u20ac<\/strong><\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n

       <\/p>\n

      Le programme OSIRIS (2013) a eu pour objet de chiffrer \u00e9conomiquement les gains g\u00e9n\u00e9tiques sur les troupeaux. En voici un extrait, issu de la plaquette \u00ab\u00a0La g\u00e9n\u00e9tique, pari gagnant pour produire du lait \u00e0 un co\u00fbt ma\u00eetris\u00e9\u00a0\u00bb r\u00e9alis\u00e9e par France G\u00e9n\u00e9tique Elevage et l\u2019Institut de l\u2019Elevage\u00a0:<\/p>\n

       <\/p>\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n
      <\/td>\nGain \u00e9conomique \u20ac\/vache\/an pour 1 point<\/strong><\/td>\nExemple sur un lot de 15 g\u00e9nisses de renouvellement avec long\u00e9vit\u00e9 de 2.5 lactations dans le troupeau<\/strong><\/td>\n<\/tr>\n
      ISU<\/td>\n+ 5 \u20ac\/vache\/an<\/td>\n188 \u20ac<\/td>\n<\/tr>\n
      INEL<\/td>\n+ 3 \u20ac\/vache\/an<\/td>\n113 \u20ac<\/td>\n<\/tr>\n
      Cellules<\/td>\n+ 55 \u20ac\/vache\/an<\/td>\n2\u00a0063 \u20ac<\/td>\n<\/tr>\n
      Mammites cliniques<\/td>\n+ 10 \u20ac\/vache\/an<\/td>\n375 \u20ac<\/td>\n<\/tr>\n
      Fertilit\u00e9 des g\u00e9nisses<\/td>\n+ 20 \u20ac<\/td>\n750 \u20ac<\/td>\n<\/tr>\n
      Fertilit\u00e9 des vaches<\/td>\n+ 60 \u20ac<\/td>\n2\u00a0250 \u20ac<\/td>\n<\/tr>\n
      Long\u00e9vit\u00e9<\/td>\n+ 45 \u20ac<\/td>\n1\u00a0688 \u20ac<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n

      Le gain r\u00e9alis\u00e9 sur le progr\u00e8s g\u00e9n\u00e9tique sera donc variable d\u2019une exploitation \u00e0 l\u2019autre, selon le point de d\u00e9part et la trajectoire choisie.<\/p>\n

       <\/p>\n

      Analyse crois\u00e9e de donn\u00e9es g\u00e9nomiques et de production r\u00e9elle dans un \u00e9levage jurassien<\/h2>\n

      Sur une exploitation support, g\u00e9notypant tous les animaux, nous avons crois\u00e9 les donn\u00e9es des index avec les donn\u00e9es r\u00e9elles de production correspondant au m\u00eame crit\u00e8re. Ces donn\u00e9es de production ont \u00e9t\u00e9 collect\u00e9es sur la lactation de 305 jours et sur la m\u00eame campagne laiti\u00e8re pour chaque animal (le rang de lactation est donc diff\u00e9rent entre les animaux) afin de limiter l\u2019effet \u00ab\u00a0ann\u00e9e\u00a0\u00bb li\u00e9e aux conditions climatiques par exemple. Sur chacun des graphiques ci-dessous, un point repr\u00e9sente une vache du m\u00eame \u00e9levage.<\/p>\n

      Les taux prot\u00e9ique et butyreux<\/strong> r\u00e9els des animaux sont repr\u00e9sentatifs de leurs index respectifs. Avec le paiement du lait \u00e0 la qualit\u00e9, d\u2019autant plus dans les fili\u00e8res fromag\u00e8res qui sont majoritaires dans notre d\u00e9partement, la s\u00e9lection sur les taux est gagnante \u00e9conomiquement. Le chiffrage d\u00e9pendra de la situation actuelle du troupeau et de la moyenne coop\u00e9rative qui conditionne souvent le paiement.<\/p>\n

       <\/p>\n\"\"\n

       <\/p>\n

      Les cellules<\/strong> repr\u00e9sentent \u00e9galement un crit\u00e8re \u00e9conomique important sur la qualit\u00e9 du lait. Il faudra y \u00eatre d\u2019autant plus attentif si l\u2019environnement de l\u2019exploitation n\u2019est pas favorable. L\u2019index cellules est une donn\u00e9e pr\u00e9cieuse dans l\u2019analyse pr\u00e9coce\u00a0: en effet, \u00e0 dire d\u2019\u00e9leveurs et d\u2019experts, sur le terrain, les animaux ayant des index cellules m\u00e9diocres expriment souvent des comptages leucocytaires importants non pas sur leur premi\u00e8re lactation mais ensuite. En \u00e9levant et en conservant ces animaux, l\u2019\u00e9leveur prend le risque de voir le crit\u00e8re se d\u00e9grader dans la vie de l\u2019animal. Un tri pr\u00e9coce est donc int\u00e9ressant sur ce crit\u00e8re car la premi\u00e8re impression lors de la premi\u00e8re lactation peut \u00eatre faussement r\u00e9jouissante. Dans l\u2019\u00e9levage concern\u00e9, les seuls animaux ayant montr\u00e9 un comptage leucocytaire moyen sup\u00e9rieur \u00e0 110\u00a0000 sur l\u2019ensemble de la lactation 305 jours sont des animaux avec des index \u00ab\u00a0Cellules\u00a0\u00bb nuls ou n\u00e9gatifs.<\/p>\n\"\"\n

      La rapidit\u00e9 de remise \u00e0 la reproduction apr\u00e8s le v\u00ealage<\/strong> est \u00e9galement un crit\u00e8re \u00e9conomique pertinent. L\u2019index \u00ab\u00a0Intervalle v\u00ealage \u2013 1\u00e8re<\/sup> IA\u00a0\u00bb illustre cette qualit\u00e9 de l\u2019animal. S\u2019il existera toujours des param\u00e8tres d\u00e9gradant ce crit\u00e8re (v\u00ealage difficile, probl\u00e8me sanitaire, canicule au moment de la p\u00e9riode propice\u2026), le tri des animaux ayant un index tr\u00e8s n\u00e9gatif sur ce crit\u00e8re est int\u00e9ressant pour \u00e9viter les pertes \u00e9conomiques li\u00e9es \u00e0 la perte en lait sur la p\u00e9riode donn\u00e9e et \u00e9ventuellement les frais sanitaires pour aider l\u2019animal \u00e0 venir en chaleur\u2026 sans compter le d\u00e9sagr\u00e9ment d\u2019une vache d\u00e9cal\u00e9e par rapport aux autres pour ceux qui recherchent des v\u00ealages group\u00e9s.<\/p>\n

       <\/p>\n\"\"\n

       <\/p>\n

      Autre point int\u00e9ressant, dans cet \u00e9levage, les quelques animaux pr\u00e9sentant des index faibles (<90) en facilit\u00e9 de v\u00ealage<\/strong> ont pr\u00e9sent\u00e9 des v\u00ealages effectivement difficiles (source SYNEL selon d\u00e9claration de l\u2019\u00e9leveur).<\/p>\n

      Dernier exemple\u00a0: l\u2019index \u00ab\u00a0Vitesse de traite<\/strong>\u00a0\u00bb. L\u2019\u00e9levage consid\u00e9r\u00e9 a b\u00e9n\u00e9fici\u00e9 en D\u00e9cembre 2022 d\u2019une analyse de la traite avec des LactoCorder, r\u00e9alis\u00e9e par Romaric ROUX, animateur technique Qualit\u00e9 du lait. Ces appareils mesurent des donn\u00e9es sur chaque vache pendant la traite pour \u00e9tablir les courbes d\u2019\u00e9jection du lait. L\u2019un des crit\u00e8res extraits de ces courbes est le \u00ab\u00a0HMF\u00a0\u00bb, mesur\u00e9 en kg\/min, qui est le d\u00e9bit le plus \u00e9lev\u00e9 de la vache (mesur\u00e9 pendant 20 sec) qui constitue un plateau sur la courbe d\u2019\u00e9jection. Ce d\u00e9bit est caract\u00e9ristique de la vitesse de traite de l\u2019animal, ind\u00e9pendamment de la quantit\u00e9 de lait produite et donc de son stade de lactation. Ce crit\u00e8re nous a permis de comparer les animaux entre eux et \u00e0 leurs index \u00ab\u00a0Vitesse de traite\u00a0\u00bb respectifs.<\/p>\n

       <\/p>\n\"\"\n

       <\/p>\n

      Pour les vaches avec un index vitesse de traite sup\u00e9rieur ou \u00e9gal \u00e0 100, le d\u00e9bit de traite \u00ab\u00a0HMF\u00a0\u00bb moyen est de 4.0 kg\/min (allant de 2.9 \u00e0 5.7). Pour le groupe avec un index de vitesse de traite inf\u00e9rieur \u00e0 100, le d\u00e9bit de traite \u00ab\u00a0HMF\u00a0\u00bb moyen est de 3.0 kg\/min (allant de 2.0 \u00e0 4.0).<\/p>\n

       <\/p>\n

      Pour conclure, comme on le constate sur les diff\u00e9rents nuages de points, \u00e0 index \u00e9gal, il persiste des diff\u00e9rences entre deux individus. L\u2019expression r\u00e9elle des donn\u00e9es de production et de reproduction mais \u00e9galement de morphologie, est la cons\u00e9quence du g\u00e9notype et de l\u2019environnement <\/strong>(comprenant un accident ou probl\u00e8me sanitaire sur un animal par exemple). Cependant, dans un m\u00eame \u00e9levage, les tendances sont claires et les crit\u00e8res techniques sont notablement diff\u00e9rents entre le groupe d\u2019individus avec index bons et index m\u00e9diocres. Sans oublier que le travail avec du vivant r\u00e9servera toujours quelques surprises et cas particuliers, le g\u00e9notypage permet donc de disposer de davantage de donn\u00e9es pour gagner en rentabilit\u00e9 sur vos crit\u00e8res et asseoir plus efficacement la strat\u00e9gie de s\u00e9lection<\/strong> dans vos exploitations.<\/p>\n

       <\/p>\n

       <\/p>\n

      Valentine LAURES<\/strong>, Conseill\u00e8re technique d’\u00e9levage<\/em><\/p>\n

      valentine.laures@evajura.com<\/a><\/p>\n

      avec l\u2019aide de Laurent MICHAUD<\/strong>, Ins\u00e9minateur, Romaric ROUX<\/strong>, Animateur technique qualit\u00e9 du lait, \u00a0et Maxime MERMETY<\/strong>, Responsable du p\u00f4le g\u00e9n\u00e9tique<\/em><\/p>\n

       <\/p>\n

       <\/p>\n

      En compl\u00e9ment, retrouvez le t\u00e9moignage de Fr\u00e9d\u00e9ric GOBY \u00ab\u00a0G\u00e9notypage, l\u2019outil qui devient indispensable\u00a0\u00bb, dans l\u2019Eva Mag Services n\u00b027.<\/em><\/p>\n","protected":false},"author":4,"featured_media":18765,"comment_status":"open","ping_status":"closed","template":"","categories":[180,39,36],"tags":[182,31,99],"class_list":["post-18744","actualites","type-actualites","status-publish","has-post-thumbnail","hentry","category-dossier-de-lete","category-elevages","category-services","tag-dossier-de-lete","tag-elevage","tag-eva-jura"],"acf":[],"yoast_head":"\nG\u00e9notypage : Inclure la g\u00e9nomique dans sa conduite de troupeau - Eva Jura<\/title>\n<meta name=\"description\" content=\"Les vaches taries sont trop souvent mises de c\u00f4t\u00e9 dans nos \u00e9levages. 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